Provavelmente seria mais seguro e confiável se você inicializasse o dispositivo no Ubuntu a partir de um live cd ou memória usb e movesse a pasta appdata de volta enquanto o sistema operacional não estivesse conectado a essa pasta.
Apenas certifique-se de ter um backup desses dados e o sistema de arquivos foi verificado em busca de erros primeiro, caso contrário você pode ter problemas ao tentar montar o sistema de arquivos no Ubuntu e incorrer em corrupção de arquivos.
P.S Não sei quão bem um link simbólico funcionará com uma pasta appdata dependente de uma estrutura de arquivos direta