Meio embaraçoso em responder a minha própria pergunta, mas encontrei uma solução para remover pacotes órfãos que satisfazem minhas necessidades.
Primeiro, criei um novo filtro personalizado no Gerenciador de Pacotes Synaptic.
Configurações - > Filtros Que Desmarcada Todos e marcada apenas como caixa de seleção Órfão e salva.
Agora synaptic está listando todos os arquivos órfãos. Note que o synaptic irá listar arquivos sem dependências como órfãos também, então não remova nada, você não tem certeza do que é (e se é realmente órfão).
Então instalei o GtkOrphan usando o CLI sudo apt-get install gtkorphan
, que é uma GUI para deborphan , mas adiciona a opção para remover pacotes também.
Uma vez iniciado GtkOrphan e tem que ser executado como root, sob a aba Pacotes órfãos expanda as Opções e marque a opção "Mostrar todos os pacotes órfãos, não apenas aqueles nas libs seção". Depois disso, o GtkOrphan irá relatar como "órfão" todos os pacotes que não têm dependências também, por exemplo libreoffice, ubuntu-desktop, ubuntu-restricted-extras, myunity
e etc. Agora você pode verificar a lista e clicar com o botão direito do mouse e hibernar cada pacote que não deseja relatado como órfão. A lista de pacotes hibernados pode ser acessada a partir do menu de contexto do botão direito ou do menu Exibir .
Sempre sob a aba Pacotes órfãos e expandidos Opções , marque a opção "Mostrar pacotes desinstalados com arquivos de configuração órfãos". Antes de remover qualquer coisa, verifique se você sabe quais são os arquivos que deseja excluir. No meu caso, o GtkOrphan encontrou alguns arquivos antigos de configuração do nautilus não mostrados no Gerenciador de Pacotes Synaptic.
Caso você exclua alguns arquivos de configuração, é necessário reinstalar o pacote para resolver o problema.