Para o gerenciamento de aplicativos de inicialização, gosto do Autoruns da sysinternals, agora de propriedade da Microsoft (gratuita). Ele mostra todos os itens de inicialização e muito mais, oferecendo a opção de desabilitar todos os itens desejados. Você também testou o disco rígido para garantir que não há setores defeituosos, além de garantir RAM suficiente?