Sim, funcionará corretamente. mas quando você instala o novo sistema operacional, se ainda quiser inicializar o Windows e o Ubuntu, certifique-se de não instalá-lo nos dois sistemas operacionais; em vez disso, haverá uma opção na qual você poderá particionar novamente seu disco rígido para que possa encaixar o novo sistema operacional sem prejudicar seus dois sistemas operacionais atuais =)