Você provavelmente desejará consultar os canais de suporte desses gerenciadores de referência para isso, mas para o básico e, em particular,
How do these (xml,csl?) file attach themself to the .doc file?
Tanto Zotero quanto Mendeley armazenam informações de citação no Word "Fields" (a mesma coisa que, por exemplo, seria usada para atualizar automaticamente datas, números de página ou referências cruzadas). O que eles armazenam não é realmente XML / CSL (que é apenas parte do software real), mas a informação de citação - qual item você está citando, qualquer número de página, prefixo, sufixo, geralmente sua informação bibliográfica etc. Formato JSON (porque a ferramenta que realmente formata as citações está em javascript). Infelizmente isso significa que isso é excepcionalmente difícil de consertar manualmente.
Por que vale a pena você pode tornar os campos do Word visíveis pressionando alt+F9
e ver se há algo óbvio errado.
Mais genericamente, o conselho de Zotero para a depuração de documentos quebrados também será aplicado a Mendeley.