O problema que eu estava achando era que o Nvidia x-server iria carregar minha resolução preferida (1280x1024), mas o gerenciador de configurações carregaria a sua opção preferida, que por padrão era 1024x768.
Como acabei resolvendo isso - no terminal:
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sudo leafpad /etc/X11/xorg.conf
Desloque-se, provavelmente perto ou na parte inferior, até onde diz algo como:
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "Device0"
Monitor "Monitor0"
DefaultDepth 24
Option "Stereo" "0"
Option "nvidiaXineramaInfoOrder" "CRT-1"
Option "metamodes" "1280x1024_75 +0+0; nvidia-auto-select +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
A terceira opção ("metamodes") é a opção de resolução. Nessa linha, removi o ; nvidia-auto-select +0+0
. A linha agora se parecia com isso:
Option "metamodes" "1280x1024_75 +0+0"
Isso não permitiu que o gerenciador de configurações selecionasse a resolução desejada e sobrescreveu o xorg.conf, forçando o computador a usar 1280x1024 por padrão.