É útil entender quando você usa um tarball simples e quando compila (e o que tudo faz)
O script de configuração é para o software que você compila e pode ter opções de compilação envolvendo bibliotecas adicionais ou a opção de selecionar um prefixo. Isso também garante que você tenha tudo o que precisa para realmente compilar o script e gerar um makefile. make usa o makefile para compilar o programa. Tradicionalmente make install copia o programa compilado e os arquivos associados para o lugar certo, mas eu uso o checkinstall, que cria um deb e o instala. Isso também permite compartilhar bibliotecas e outras coisas interessantes. Um 'deb' ou 'RPM' é simplesmente um software compilado para uma distro e versão específica com um conjunto sano de configurações, e o conhecimento que você pode obter nas bibliotecas e dependências compartilhadas necessárias automaticamente
Se você já o tiver compilado e não houver opções, e estiver executando o software como um usuário comum, poderá compactar tudo, compilado estaticamente. É o equivalente em linux do software "portátil" (no sentido de "thumbdrive", não o de escrever uma vez, compilar quase em qualquer lugar). Ele supõe que seu usuário não precisa de opções adicionais e tudo simplesmente funciona (ou você está com preguiça de empacotá-lo adequadamente. Isso acontece.
Embora o HFS seja obrigatório para usuários do unix, nem todo mundo respeita isso. Nesse caso específico , suspeito que esse estilo de empacotamento permita o uso simples de caminhos de arquivos relativos, instalações lado a lado de diferentes versões de java, usando o prefixo JAVA_HOME e coisas assim. É totalmente intencional.