As variáveis não são substituídas entre aspas simples. Use:
sed -ri "s/^(KEY\s*=\s*).*$/\1$GETKEY/" Config
Eu usei -r
para remover a necessidade de escapar dos parênteses, mas as outras barras invertidas precisam ser escapadas entre aspas simples. Caso contrário, você pode misturar aspas:
sed -ri 's/^(KEY\s*=\s*).*$/'"$GETKEY/" Config