O ESATA é provavelmente uma boa solução - você não avisou que tipo de discos está usando, mas se eles são discos SATA, então isso faz mais sentido, pois você não vai ficar mais rápido do que usar a interface bruta. use - o que efetivamente é o que a ESATA é.
Caso contrário, o USB3.0 é uma boa escolha.