O tamanho da janela no MacVim é baseado em "número de linhas e número de colunas a serem exibidas"; se você alterar a fonte e o tamanho da fonte, essas linhas e colunas precisarão de menos ou mais espaço e o tamanho da janela será ajustado de acordo.
Você pode especificar o número ou as linhas e colunas que o MacVim exibirá com set lines=nn
e set columns=mm
em ~/.vimrc
para obter um tamanho de janela inicial de sua preferência, mas - obviamente - quando você alterar a fonte ou o tamanho da fonte " na mosca ", o tamanho da janela também mudará novamente.