Quando um documento tiver passado no OCR, ele não poderá ser executado novamente através do OCR no Acrobat (que é uma limitação do Acrobat).
Assim, suas opções seriam começar novamente a partir das varreduras originais (preferível) ou exportar como TIFF e executar o OCR novamente (segunda opção, porque haveria uma segunda redução de resolução das imagens).