Isso pode não funcionar em todos os casos, mas eu consegui resolver esse problema usando uma tag inesperada.
Do manual do wget 1.17.1:
‘-E’
‘--adjust-extension’If a file of type
‘application/xhtml+xml’or‘text/html’is downloaded and the URL does not end with the regexp‘\.[Hh][Tt][Mm][Ll]?’, this option will cause the suffix‘.html’to be appended to the local filename.
Assim, no seu caso, quando o wget localiza o link http://example.com/direction , ele verifica se a página é formatada em html. Em caso afirmativo, ele será salvo no disco local como /example.com/direction.html . Então, quando ele vir http://example.com/direction/11 , ele será salvo no disco como /example.com/direction/11 , portanto, não sobrescrevendo o primeiro arquivo. Supondo que a verdadeira estrutura de diretórios seja /example.com/direction/index.html , ela não corresponderá exatamente à estrutura de diretórios remotos, mas pelo menos não sobrescreverá arquivos incorretamente.