Cabe à implementação do PGP qual chave será usada. Acho que o GPG selecionará a chave mais recente e criptografará apenas com essa chave. O aplicativo de gateway que desenvolvemos será criptografado com as duas chaves.
Embora eu entenda o seu pensamento de ter duas chaves separadas, isso não lhe dá muita proteção extra. Vamos supor que todos os e-mails sejam criptografados com as duas chaves. Se o invasor tiver a chave do dispositivo móvel, o invasor também poderá descriptografar o e-mail armazenado no computador padrão, pois ele também é criptografado com a chave do celular. O único benefício de ter duas chaves é que você pode revogar a chave do celular sem precisar revogar a chave padrão.