Assim como os comentários do CLockeWork, parece ser um problema com números longos. O argumento para countif é tratado como um número, mesmo que seja muito longo.
Você pode forçar uma célula a ter valor de texto com um caractere ' , como '2014022701000400 . No entanto, isso não funciona para argumentos de fórmula. O segundo argumento para countif não permite que um ' o force a ser texto; é sempre interpretado como um número.
Uma solução é adicionar uma coluna intermediária que prefixa um a :
2014022701000400
="a" & B1
=COUNTIF(C1,"a2014022701000409")
Isso funciona, mas não é bonito.