Ao contrário do Google Chrome, o firefox tem seu próprio armazenamento de certificados separado do sistema.
Para instalar uma CA raiz, vá nas preferências do seu navegador do firefox. Na guia avançada, há uma subguia chamada Certificados / Criptografia, dependendo do SO e da versão do Firefox que você está usando.
De lá, você pode gerenciar tudo relacionado a certificados.