Eu usaria o suplemento de consulta de energia. Eu importaria os dados de cada arquivo do Excel para consultas separadas, use o comando "Mesclar" para juntá-los, provavelmente usando sua coluna de ID comum.
O Power Query tem muitos outros recursos de massificação de dados que podem ser úteis ao longo do caminho.
Eu colocaria o resultado final da Consulta (somente) em uma tabela do Excel.