Estou praticamente na mesma posição (uma conta do Google para o Google Analytics e as Ferramentas do Google para webmasters e outra para o meu Google Apps pessoal) e, infelizmente, a única solução que posso sugerir é usar um navegador diferente para uma das tarefas. Eu uso o Chrome para minha navegação normal e depois abro o IE quando preciso acessar o Google Analytics com minha outra conta. Não é ideal, mas não é excessivamente pesado e eu não tenho que ficar entrando e saindo assim é razoável em termos de tempo.
Espero que o Google mantenha as melhorias iniciadas com o recurso de várias contas e estenda isso para todos os aplicativos, para que tudo funcione um pouco melhor!