Não, isso não pode ser feito com o utilitário Sticky Notes que vem com o Windows 7. Esse utilitário é codificado para procurar apenas um arquivo de notas em um determinado local APPDATA. Portanto, mesmo que você possa iniciar várias cópias dele, ele abrirá o mesmo arquivo.
A única maneira que você pode ter diferentes conjuntos de notas com o utilitário do Windows é alternar temporariamente para userid diferente no Windows. Desta forma, cada login terá suas próprias notas. Mas essa solução é inconveniente.
Caso contrário, você precisa procurar por aplicativos Sticky Notes de terceiros que ofereçam suporte a vários conjuntos de notas que você pode alternar entre elas.