Isso provavelmente funcionará, você só precisa preservar as permissões de arquivo, isso pode ser arquivado com cp -a
.
O único problema que eu poderia pensar é o seu sistema de backup estar desatualizado de alguma forma que o tornará inutilizável para o seu kernel atual (por exemplo, um sistema init diferente). Simplesmente copiando o sistema É também o que eu faço quando quero migrar meu sistema para outro disco rígido / partição.
Como você não pode estragar tudo porque você ainda tem acesso completo ao disco, vale a pena tentar.