Além do CryptSync, também há software pago. Pessoalmente, no Windows, eu gosto do Acronis TrueImage (a edição caseira custa US $ 50 para 1 PC ou US $ 80 para 3).
Ele suporta criptografia de backup com uma senha e criptografia AES 128/192/256. Ele também suporta backups automatizados, com backups incrementais que apenas fazem backup de dados modificados e compactação opcional para manter baixa a largura de banda e o uso de espaço. Ele lida com backups setor por setor para partições com as quais não está familiarizado (por exemplo, sistemas de arquivos Mac e Linux). Você pode navegar pelos backups diretamente no Explorer. Também o suporte ao cliente é muito bom.
No Windows, ele pode fazer backup de qualquer coisa que você possa montar como uma unidade; ou diretamente para ações de SMB.
A desvantagem é que você só pode procurar os dados nos backups de uma máquina com o Acronis instalado; já que ele faz o backup de todos os dados em um formato de arquivo proprietário grande - isso pode ou não ser um problema, dependendo de onde você deseja acessar os dados.
Acronis também tem software de backup para Linux.
Para o Linux, existem algumas outras opções também. Veja Como fazer um backup criptografado semelhante ao rsync? . Em particular, as recomendações são: