Se você estiver apagando todos os dados da unidade de qualquer maneira (afinal de contas, é uma das coisas que um formato faz), a validade de qualquer manipulação de arquivo aberta é bastante discutível. A única coisa com que se preocupar neste momento é se você estivesse fazendo o backup dos dados antes do formato, e ainda há processos trabalhando nisso. Por segurança, feche todos os outros programas antes de tentar novamente e verifique novamente para ter certeza de que todos os backups que você teve foram totalmente concluídos. Se ainda der problema sobre identificadores de arquivos abertos, tente uma reinicialização.
Se isso não funcionar, tente reinicializar no modo de segurança. Se isso não funcionar, retire seu kit de ferramentas de escolha (por exemplo: SysInternals, NirSoft, etc.) e inicie a solução de problemas para descobrir o que mantém as alças de abertura nessa unidade para poder eliminá-lo. Ou apenas reformate a máquina inteira, porque neste momento há algo extra-especial acontecendo.