A resposta é ir para a sua conta do Ubuntu One através de um navegador. Exclua a pasta conforme mostrado no navegador. Em algum momento indeterminado no futuro, que pode ou não exigir a reativação da sincronização ou o recarregamento do painel de controle do Ubuntu One, a pasta desaparecerá do painel de controle do Ubuntu One, sem afetar o sistema de arquivos, então você ainda terá a pasta atual em seu sistema de arquivos Linux.
Isso é incongruente já que a adição da pasta acontece através do painel de controle do Ubuntu One, então é razoável esperar que haja uma maneira de fazer a exclusão no painel de controle, mas eu não encontrei nenhuma.