É normal? Sim. Por quê? Pela razão exata que você descreveu: algumas coisas não suportam IA.
Área de Notificação é o mais antigo dos dois projetos e existe desde o início da destruição. O Indicator Applet surgiu há alguns anos para abordar algumas preocupações de design que a Canonical estava tendo.
Eles trabalham de maneiras bem diferentes, então não é um substituto fácil e nunca pode ser. Para que algo funcione em um ou outro, é necessário um código para isso.