Sim, Flash e Java (através do navegador) foram e continuam a ser explorados para scripts maliciosos. No entanto, isso pode acontecer sem o consentimento dos usuários. Veja Dirigir por (download / cache) (Embora eu acho que o cache de download é o que você vai estar mais interessado).
Eu acho que alguém pode instalar manualmente o programa, mas não se esqueça de outras coisas, como conectar pendrives / CD's etc (alguns sistemas operacionais não permitem execução automática, alguns fazem).
Em relação aos emails, os clientes têm diferentes níveis de segurança ... você pode rodar o javascript em alguns clientes de email, mas não nas últimas 2 ou 3 versões do MS Office, por exemplo ... Então, pode não ser apenas o anexo que você precisa se preocupar (no entanto, eu não estou dizendo que isso vai executar um vírus, só que ele pode executar um script mal-intencionado. Talvez ele relate informações que tornem o PC identificável e que você visite um determinado site ser usado).
Você também precisa ser cauteloso com ataques em uma rede. Mesmo se você for muito cauteloso, alguém na rede pode não estar, execute um vírus de sua máquina que se espalha pela LAN. Seus 3 pontos não salvarão você neste caso.
Como você mencionou o javascript como um único idioma, ressaltarei que os ataques podem ocorrer com várias tecnologias. Novamente, usando o exemplo de Drive by cache, onde o ataque mal-intencionado pode ser uma combinação de javascript e swf para executar algum VB. O javascript para referenciar um lugar ou coisa maléfica, o arquivo swf para executar o mal!
No que diz respeito ao conselho da mídia, normalmente, eu o ignoro. Se você precisar saber, faça perguntas em sites como SU ou link . O problema é que a mídia assusta as pessoas, etc., porque elas geralmente (nem sempre) estão apenas relatando algo que lhes é dito ... E o detalhe exige que seja geral. Como eles podem dar conselhos sobre isso ... Pense nisso, costumava ser apenas vírus ... Então trojans ... Então worms. Agora Malware. Agora scareware. Meu resgate. Agora mais'ware.