Você precisa remover as preferências do Textmate e reinstalá-lo. Se você estiver usando o OSX, localize a pasta Library, procure por "textmate" e remova todos os arquivos que encontrar lá, então remova o aplicativo textmate normalmente da pasta Application e instale o textmate novamente em seu site. Você verá novamente a recomendação para o arquivo .yml quando abrir um arquivo .yml pela primeira vez e escolher a opção "ver como arquivo YAML". Espero resolver o problema.