Após uma instalação, tive um problema semelhante em que o BIOS não me permitia promover o disco de inicialização do GRUB como o disco de inicialização que ele insistia em inicializar o disco rígido do Windows, trocando as conexões SATA na placa-mãe.
Você pode inicializar o Win em outro disco, mapeando novamente as unidades, portanto o script /etc/grub.d/09_Windows deve ser parecido com:
#!/bin/sh -e
echo "Adding Windows 7 to GRUB 2 menu"
cat << EOF
menuentry "Windows 7" {
set root=(hd1,1)
drivemap -s hd0 hd1
chainloader +1
}
EOF
Com problemas de instalação, simplifique o sistema desligando a segunda unidade de disco, é fácil adicionar sistemas de arquivos posteriormente, após a instalação. Se você puder inicializar os dois SOs quando ele estiver ligado, saiba que é apenas um problema de configuração.
Não se preocupe com UEFI, a inicialização confiável pode ser desativada se necessário em dispositivos PC (coisas como o Surfaces, porém, são mais bloqueados), mas como distro está assinando o gerenciador de inicialização com o certificado MS, a inicialização confiável não impede GRUB & Linux de começar.