Eu sei responder suas próprias perguntas é geralmente desaprovado ... e eu ainda não sei exatamente como resolver problemas de USB (que é realmente o que eu queria saber), mas o seguinte parece ter resolvido o meu problema :
Adicione pci = routeirq ao comando de inicialização do linux. Ou seja Eu tenho uma entrada do grub personalizado em /etc/grub.d/40_custom
como este (note que copiei e colei a entrada padrão de /boot/grub/grub.cfg e, em seguida, adicionei pci = routeirq):
#!/bin/sh
exec tail -n +3 $0
# This file provides an easy way to add custom menu entries. Simply type the
# menu entries you want to add after this comment. Be careful not to change
# the 'exec tail' line above.
menuentry 'Ubuntu, with Linux 3.0.0-14-generic, PCI=routeirq' --class ubuntu --class gnu-linux --class gnu --class os {
recordfail
set gfxpayload=$linux_gfx_mode
insmod gzio
insmod part_msdos
insmod ext2
set root='(hd0,msdos3)'
search --no-floppy --fs-uuid --set=root 9701201a-c029-4d58-b44a-1dc208ca03b1
linux /boot/vmlinuz-3.0.0-14-generic root=UUID=9701201a-c029-4d58-b44a-1dc208ca03b1 ro quiet splash vt.handoff=7 pci=routeirq
initrd /boot/initrd.img-3.0.0-14-generic
}