O que você precisa fazer é criar uma segunda camada com a mesma cor do plano de fundo. Coloque essa camada atrás de sua imagem e defina a camada com sua imagem como Multiply. Isso fará com que ambos se misturem sem nenhum problema visual. Não tenho certeza se o paint.net suporta essas ações com camadas, mas o Adobe Photoshop e o Jasc Paintshop Pro farão isso sem muito problema.