Este é um comportamento documentado. Veja :help :syn-multi-line
, citado aqui:
When using a start pattern with an offset, the start of the match is not
allowed to start in a following line. The highlighting can start in a
following line though. Using the "\zs" item also requires that the start
of the match doesn't move to another line.
A solução é especificar onde o realce começa, e não onde a partida começa. Por exemplo:
:syn match Statement 'A\nB'hs=e-1
Veja :help :syn-pattern-offset
.