Primeiro, você precisa descobrir a hora de início do primeiro quadro em HH:MM:SS.msec format ou em S.msec . Então, onde <start> é o timecode:
ffmpeg -i input.wmv -ss <start> -c:v libx264 -frames:v 123 output.mp4
Se você quiser usar filtros, poderá fazer algo assim, em que 100 é o quadro de onde começar:
ffmpeg -i input.wmv -filter:v "select=gte(n\,100)" -c:v libx264 -frames:v 123 -vsync 0 output.mp4