Reformate o cartão (depois de fazer o backup de qualquer coisa que você queira, é claro) usando o Utilitário de Disco ou similar. Parece que o Letterbomb quer que a placa tenha uma única partição, não o múltiplo que ela possui atualmente.
Quando recém-formatado como FAT, mova seus diretórios boot.elf
e private
para a pasta única que será exibida.