Você pode alterar as opções de inicialização abrindo um prompt "Executar ..." (WindowsKey + R) e digitando "msconfig" e pressionando Enter.
Na aba de inicialização, você pode selecionar safeboot + minimal. No que diz respeito à automatização da tarefa, você provavelmente pode gerenciar a política da máquina local para executar um .bat na inicialização que executa o comando bcdedit que você publicou originalmente.