Não importa.
O que importa é que os blocos ou clusters do sistema de arquivos em uma partição formatada estejam alinhados e não se sobreponham a mais blocos físicos do que o necessário. Para fazer isso, a partição que contém um sistema de arquivos deve iniciar em um limite de bloco físico.
Uma partição formatada em NTFS com tamanho de cluster 4k em uma unidade de Formato Avançado com blocos de 4k terá um desempenho pior se cada cluster NTFS incluir dois blocos na própria unidade devido à partição não iniciar em um limite de bloco.