É (mais provável) porque o HTML que você está tentando injetar tem caracteres que precisam ser excluídos quando incluídos em uma sequência normal do PowerShell.
Em vez disso, você pode usar uma variável e uma String aqui para definir um bloco de texto literal.
Então, tente isso em um script .PS1:
$Msg = @"
<html>
<body>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>User Name</span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>User Title</span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>Organization Name</span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>Organization Address</span></p>
<p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>City, Postcode</span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>P</span></b><span
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'> (123) 456-7890 <b> F</b> (123) 456-7890</span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>E</span></b><span
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'> </span><span style='color:#1F497D'><a
href="mailto:support@(ourdomain).ca"><span style='font-size:12.0pt'>support@(ourdomain).ca</span></a></span></p>
<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>W</span></b><span
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'> </span><span style='color:#1F497D'><a
href="http://www.(ourdomain).ca/"><span style='font-size:12.0pt'>http://www.(ourdomain).ca</span></a></span></p>
</body>
</html>
"@
Set-MailboxAutoReplyConfiguration support@(ourdomain).ca -AutoReplyState Enabled -ExternalMessage $Msg -InternalMessage $Msg
Trabalhei para mim usando o Exchange 2010.