Eu tive o mesmo problema algumas vezes antes, e o motivo foi que eu tinha usado o mesmo pendrive para várias instalações do sistema operacional (Windows, Linux, OSX) e o setor de inicialização era um pouco ... bem, desligado. / p>
Finalmente, a ferramenta que resolveu todos os problemas para mim foi WiNToBootic , mas não tenho certeza se suportará o Vista, talvez apenas 7/8 Outra ferramenta que você poderia tentar seria o Rufus , que oferece mais opções sobre como formatar o disco.