Como podemos ver:
# iptables -S INPUT
-P INPUT ACCEPT
-A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A INPUT -j INPUT_direct
-A INPUT -j INPUT_ZONES_SOURCE
-A INPUT -j INPUT_ZONES
-A INPUT -p icmp -j ACCEPT
-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-host-prohibited
"- A INPUT -i lo -j ACCEPT", que é o problema, iptables -L perdeu a informação.