Primeiro, quando você executar o instalador, clique em Experimentar o Ubuntu. Isso rodará o Ubuntu sem instalar. Em seguida, conecte seu pendrive e digite os seguintes comandos:
sudo umount /dev/sdb1
Isso "desmontará" a unidade. Então digite:
sudo mkfs.ext4 -n <nameOfYouDrive> -I /dev/sdb1
Isso criará uma partição ext4. E substitua o "nameOfYourDrive" pelo nome que você deseja fornecer (entre aspas simples, mas não com "< > ')
Depois, você pode reiniciar o computador e continuar com a instalação. Mas o que eu prefiro é instalar o Ubuntu 12.04LTS em outra unidade ou seja. / dev / sda2. Isso não vai atrapalhar suas janelas e seu laptop!