Você não pode compartilhar facilmente unidades compartilhadas do Windows em uma rede pública. O Windows não criptografa o tráfego entre as máquinas (exceto para o login).
Para fazer isso com segurança, você precisa configurar uma "Rede Privada Virtual" (VPN). Isso fornece um "túnel", que é um link criptografado entre as duas redes. Você poderia pesquisar VPNs baseadas em IPSEC.
Ferramentas como o Hamachi podem ser usadas para configurar VPNs ou ferramentas como TeamDrive ou mesmo o DropBox são alternativas que podem compartilhar arquivos com segurança.