Supondo que haja alguma coisa distintiva sobre a janela, como seu título sempre contém algo, você pode usar Autohotkey para enviar pressionamentos de teclas para a janela.
Obter Autohotkey aqui: autohotkey.com
E escreva este script
#Persistent
SetTitleMatchMode, 2
SetTimer, ChatRoomStayActive, 60000
ChatRoomStayActive:
IfWinNotActive, <chatroom_popup_window_title_here>
ControlSend, <chatroom_popup_window_title_here>, A
return
return
Isso basicamente digitará A na janela do chat a cada 60 segundos se não estiver ativo