Por mais estranho que pareça, tente configurar o monitor um acima do outro no aplicativo Monitor, não lado a lado: ou seja,
Algumas placas gráficas de baixo custo limitam as maiores texturas que podem mostrar 2048x2048. Se a resolução horizontal combinada de ambos os monitores for maior que 2048 (muito fácil com um a 1280xn e o outro com 1024) eles não caberão em uma única textura e o Compiz se recusará a trabalhar.
Mas se você os colocar horizontalmente, eles se encaixarão, já que geralmente a resolução vertical não é maior que 1024.