Se a sua placa-mãe já funciona com sua CPU e seus drivers, ela deve continuar a fazê-lo bem com o novo BIOS. Essa atualização apenas adiciona suporte para a terceira geração de CPUs Ivy Bridge; isso não significa que você tenha para ter um.
Infelizmente não há changelog no site, nem no arquivo .zip para indicar exatamente o que foi alterado, mas a principal diferença é o suporte para as CPUs mais novas. Se outros indicaram que ele também conserta a inicialização via USB, então isso pode ser um bug também adicionado.
De qualquer forma, não deve reduzir sua capacidade de funcionamento dos sistemas. Se o fizesse, certamente haveria um aviso nesse sentido.
Se ainda estiver preocupado, basta contatá-los diretamente ou passe a questão para seus técnicos.