Isso pode ser um problema de tamanho de setor. HDs mais novos usam setores de 4096 bytes, não 512 - e empregam uma camada de tradução para que o sistema operacional veja o HD como tendo setores de 512 bytes (para compatibilidade).
O problema é que alguns adaptadores USB ignoram a conversão e relatam a unidade como tendo setores de 4096 bytes. Outros adaptadores USB usam a tradução e relatam a unidade como tendo setores de 512 bytes.
O problema pode ser: um de seus adaptadores está relatando setores de 4096 bytes, o outro está relatando 512 bytes. Como a tabela de partição é baseada em setor, quando você transfere o HD de um para o outro, ele não consegue encontrar as partições.
Tente usar uma tabela de partição GPT no disco em vez de no MBR - AFAIK GPT cuidará dos problemas de tamanho do setor.