Migrado (e ajustado) de um comentário
No Windows 7, você pode alterar o local e deixar que o Windows se preocupe em mover tudo e fazer os links conforme necessário. Em 7 é Right Click > Properties > Location Tab > Move
.
Tenho certeza de que o Windows 8+ manteve essa opção, pois unidades de inicialização menores são cada vez mais comuns.