Use o Robocopy para isso
Robocopy "source" "destination" /e /xf *
Obviamente, substitua a origem e o destino pelos diretórios originais de origem / destino!
O /e copiará os diretórios vazios. O /xf * excluirá arquivos.
Para excluir determinados arquivos, como txt files, você pode fazer
Robocopy "source" "destination" /e /xf *.txt