Use o Robocopy para isso
Robocopy "source" "destination" /e /xf *
Obviamente, substitua a origem e o destino pelos diretórios originais de origem / destino!
O /e
copiará os diretórios vazios. O /xf *
excluirá arquivos.
Para excluir determinados arquivos, como txt
files, você pode fazer
Robocopy "source" "destination" /e /xf *.txt