Faça um monitor estar "acima" (ou "abaixo") do outro em nvidia-settings "X Server Display Configuration", ao contrário de ser "a direita / esquerda de" o outro.
Minha cabeça ainda explode tentando descobrir por que, mas eu só penso nisso como uma coisa "relativa". Funciona para mim no Ubuntu 12.04. Tive que adicionar xrandr -o left
à inicialização da sessão para fazer com que minha exibição girasse para funcionar nas reinicializações do X-server (reinicializações, logins, etc).