Isso provavelmente está acontecendo porque a tela do Plymouth tem uma resolução diferente da resolução final da sua área de trabalho. A cintilação é devido às resoluções de comutação de tela.
Tente combinar a resolução de tela de Plymouth com a resolução final da área de trabalho. Você poderia fazer o inverso, mas isso provavelmente faria com que a sua última área de trabalho fosse de baixa resolução.