A melhor maneira de fazer isso é usar um gerenciador de partições para criar primeiro a nova partição de destino de instalação e defini-la como principal, e possivelmente até mesmo "ocultar" a existente. Apesar da parição atual estar escondida, o Windows ainda a verá, mas acredito que o instalador irá usar o padrão para chamar a nova partição primária C :. E o instalador simplesmente não se importa com a ordem das partições no disco, mas se preocupa com a maneira como a partição é configurada.