O Windows 7 x64 suporta a inicialização em discos GPT. De acordo com o artigo do TechNet ' Instalando o Windows em um computador baseado em EFI ', é necessário iniciar o Carregador de Inicialização EFI do Windows no Disco de Instalação. Se você tiver a opção de inicializar no DVD EFI, é isso que você precisa fazer para instalar o Windows 7 X64 em um disco GPT. A alternativa é, como sugere o Ramhound, apagar todas as partições e instalá-las normalmente, formando o disco como MBR.
Espero que isso ajude,