Eu acredito que isso é respondido em esta pergunta , e em este também .
Basicamente, se o seu computador superaquece e é desligado automaticamente, isso ocorre devido à proteção interna do BIOS, então você não poderá mudar isso.
O que você poderá fazer é ajustar a frequência da CPU quando a CPU estiver muito quente ou suspender ou desligar o PC normalmente, usando shutdown -h now , por exemplo.
Você pode fazer isso executando um cron job a cada minuto, ou usando algo como computertemp , como sugerido por Alexander Burke no segundo resposta vinculada.
Se superaquecer, talvez seja hora de limpar o seu PC!