A eliminação de PPA só funciona se você tiver instalado um PPA (de ppa.launchpad.net). Para removê-lo, você precisa remover manualmente a linha de /etc/apt/sources.list
Se um repositório está deixando lixo em torno de você não quer, você pode synaptic e clique no botão Origem:
Emseguida,cliquenofiltroàesquerdaquemostraorepositório,entãovocêpodeselecioná-loseremovê-losdelá.Sevocêjáremoveuorepositório,ospacotespodemestarlistadosem"Local".
Quanto ao motivo pelo qual o Opera não está no Centro de Software, as pessoas precisam dizer a eles para enviá-lo ao Centro de Software para que as pessoas não tenham que fazer esse tipo de coisa manualmente.